Su problema ha sido explicado en la wiki del software
Configuraciones
Los administradores de sistemas pueden configurar las cosas editando /etc/xdg/user-dirs.conf. Por el momento solo hay dos configuraciones, puede deshabilitar todo, y puede especificar la codificación de juego de caracteres utilizada para los nombres de archivo. También pueden establecer o cambiar los directorios predeterminados y sus valores iniciales en /etc/xdg/user-dirs.defaults.
$ (XDG_CONFIG_HOME) /user-dirs.dirs especifica el conjunto actual de directorios para el usuario. Este archivo está en formato de shell, por lo que es fácil acceder desde un script de shell. Los usuarios también pueden modificar este archivo (manualmente o mediante aplicaciones) para cambiar los directorios utilizados. Nota: Para deshabilitar un directorio, apúntelo al homedir. Si lo elimina, se volverá a crear en el próximo inicio de sesión.
Entonces tu ~/.config/user-dirs.dirs
podría ser modificado como
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME"