Interesante pregunta. Bueno, parece haber 2 obstáculos, el mayor de los dos sería múltiples instancias de Windows. Para superar ese desafío, puede usar máquinas virtuales. Use un solo host y cree 2 máquinas virtuales y simplemente arrastre cada VM en una pantalla.
Para superar su problema con los dispositivos de entrada, encontré un artículo sobre una herramienta que alguien encontró que estaba tratando de hacer algo similar. Se ve como que maneja múltiples dispositivos de entrada. Tendría que instalarlo en las dos máquinas virtuales y, con suerte, poder aislar un conjunto de dispositivos para que cada máquina virtual tenga su teclado y mouse dedicados.
Aquí está el enlace a ese artículo:
Cómo usar múltiples teclados y ratones en una computadora