El problema descrito en la pregunta ocurre cuando un documento vacío / nuevo se establece en "ANSI" y se pegan caracteres Unicode en él.
No hay detección automática cuando se usa con un documento vacío / nuevo, al menos no en la versión de Notepad ++ Lo probé (v5.4.5). "ANSI" es el valor predeterminado en Notepad ++ para un documento nuevo, a menos que se configure en el menú Configuración → Preferencias → pestaña Nuevo documento / Abrir Guardar directorio .
Solución
La solución es establecer la codificación en UTF-8 antes de pegar, menú Formato → Codificar en UTF-8 :
Ejemplo
Copié algo de texto en un nuevo documento de Notepad ++, ruso (русский язык, russkiy yazyk) , de Firefox que muestra la página de Wikipedia en idioma ruso .
Si la codificación no se cambia de "ANSI", este es el resultado:
Si se cambia la codificación, este es el resultado:
Como se puede ver en la figura a continuación (la parte cirílica está resaltada), Notepad ++ en realidad convierte los caracteres Unicode en ASCII 63 (hexadecimal 3F), signos de interrogación. Es por eso que los caracteres Unicode se pierden (en "ANSI" modo) al copiar el texto a través del portapapeles (que es no un problema de fuente - la información se pierde).
Probado en: Notepad ++ v5.4.5 (UNICODE).