He buscado en Google esta pregunta en varios puntos a lo largo de los años, y debo decir que me molesta la cantidad de "expertos" que no abordan la pregunta, sino que la utilizan como una oportunidad para mostrar lo que dicen pensar ellos saben.
Solo puedo contarles mi propia experiencia, sin ninguna jerga nerd. Descubrí que sí, tener demasiados marcadores ralentiza notablemente la experiencia de navegación. Utilizo Firefox y Chrome, y limpio mi registro al menos una vez a la semana con Glary Utilities.
También soy un poco de un acaparador de marcadores. A menudo, si una página es interesante para mí, la guardo como un marcador, probablemente agregando docenas por semana, a veces solo porque soy un vago y quiero volver a esa página.
Una vez que tengo alrededor de 100 marcadores, me doy cuenta de que mi navegador comienza a sentirse muy torpe. Entonces, voy a mis marcadores, los guardo en forma HTML en una carpeta en mi computadora y luego los borro casi todos desde el navegador, dejando solo los principales que visito, alrededor de 10-15 marcadores.
Y BINGO, mi navegador es rápido y limpio de nuevo. Termino haciendo esto cada seis meses.
Entonces, respuesta corta: SI.