Como otros ya han mencionado, los reproductores multimedia normalmente tienen la opción de usar el dispositivo de audio predeterminado o cualquier otro en su configuración de preferencias.
Si está utilizando Vista o Windows 7, también puede configurar un dispositivo de audio secundario para que sea el dispositivo de comunicación predeterminado (busque en Propiedades de sonido), de modo que pueda tener un sonido normal que salga de sus altavoces, pero que las llamadas de Skype entren a través de su auriculares, por ejemplo.