Ninguna de las soluciones anteriores funcionó para mí porque estaba tratando de importar un archivo VDI creado en VirtualBox 3.1.6 en VirtualBox 4.32 que se ejecuta en una máquina diferente. Este es un archivo autónomo y no hay ningún enlace a otro VDI. Seguí recibiendo el error:
Parent medium with UUID {a9dccef3-45f8-45ff-835e-a2b6e7279bac} of the medium
'c:\Disks\Windows.2003.R2.Enterprise.SQL.Express.192.168.56.222.Trusted.vdi'
is not found in the media registry
Incluso importé el mismo vdi en VirtualBox 3.1.6 y luego traté de usar VBoxManage clonehd nuevamente para ver si puedo deshacerme del error, pero tampoco funcionó.
Al final simplemente edité .VirtualBox / VirtualBox.xml manualmente agregando
<HardDisk uuid="{43ea34ba-6d72-413e-8b37-32f475927ace}" location="C:/Disks/Windows.2003.R2.Enterprise.SQL.Express.192.168.56.222.Trusted.vdi" format="VDI" type="Normal"/>
(El uuid se obtuvo usando VBoxManage showvhinfo en VirtualBox 3.1.6.)
Y eso finalmente resolvió el problema, es decir, pude crear una nueva sesión de VirtualBox usando el vdi.
Espero que esta nota ayude a aquellos que se encuentran con el mismo problema.