En cuanto a las aplicaciones GTK en el entorno Gnome, es posible configurar todas las aplicaciones para usar un esquema de entrada similar a Emacs:
$ gconftool --set -t string /desktop/gnome/interface/gtk_key_theme Emacs
$ gconftool --get /desktop/gnome/interface/gtk_key_theme
Emacs
Me pregunto si es posible ajustar la entrada para todas las aplicaciones QT de manera similar.