Parece que hay un formato abierto estándar para la animación vectorial: SVG.
¿Cómo crear y editar dichos archivos?
Espero algo como Blender con fotogramas clave y editor de curvas. Inkscape no parece tener habilidades de animación a primera vista.
Se prefiere FOSS (por lo que se desaconsejan las cosas relacionadas con Flash, pero si hay un convertidor de SVG de Flash a animado, debe mencionarse).