Mi intuición sobre esto es que OS X y sus aplicaciones no están diseñadas para funcionar en múltiples instancias. Cuando dos procesos realizan cambios en los mismos archivos .plist de preferencia al mismo tiempo, puede obtener un comportamiento no deseado. Algunas aplicaciones están diseñadas para funcionar en una configuración de "biblioteca de proyectos", como GarageBand y el nuevo iMovie (estas aplicaciones solo pueden funcionar en un proyecto a la vez), pero si Xcode le permite abrir varios proyectos al mismo tiempo, definitivamente el camino a seguir. Casi todas las aplicaciones basadas en documentos funcionan de esta manera, por ejemplo: Office, TextEdit, Safari.
Si eres nuevo en Mac, pronto será evidente que una ventana no es lo mismo que una aplicación en ejecución. Una sola aplicación puede tener muchas ventanas a la vez, y cerrar todas esas ventanas individualmente no necesariamente cierra la aplicación (aunque esto ocasionalmente será el caso, vea Preferencias del sistema). En lugar de cambiar entre ventanas con alt-tab, cambia entre aplicaciones con Command-Tab, y cambie entre las ventanas abiertas de esa aplicación con Command-`(tecla de retroceso, en la tecla ~). Al cerrar las aplicaciones, acostúmbrese a elegir salir del menú de la aplicación (o presionar Comando-Q) en lugar de salir de cada ventana abierta. En la mayoría de los casos, esto dejaría la aplicación aún ejecutándose con 0 ventanas abiertas. Las aplicaciones en ejecución se denotan con una luz brillante debajo de sus iconos de base,
Protip: para salir de múltiples aplicaciones rápidamente, mantenga presionada la tecla Comando, use Tab o shift-Tab para seleccionar cada aplicación que desea cerrar, y presione q para enviar a cada una de ellas un comando para salir. Luego suelte la pestaña para cambiar a la aplicación que desea usar cuando esté seleccionada.