Respuestas:
Vaya a Terminal -> Preferencias, luego en el lado derecho seleccione "Shell", luego seleccione "Cerrar si el shell salió limpiamente" del menú desplegable etiquetado "Cuando el shell sale".
Esto cerrará el shell si salió sin problemas (como cuando escribió "salir"), pero si el proceso devuelve un error, se quedará para que pueda ver lo que era.
Además, puede ejecutar el siguiente comando (o agregarlo al final de su script de shell .sh ) para eliminar la aplicación Terminal:
kill `ps -A | grep -w Terminal.app | grep -v grep | awk '{print $1}'`