Respuestas:
La forma "más rápida" (¿más fácil?) Es encriptar la partición durante la instalación, si el disco es un sistema Ubuntu completo. Ubuntu viene con soporte para un directorio de inicio / encriptado y para encriptar el sistema completo; cifrar todo el sistema probablemente no valdría la pena. Significaría cifrar archivos de registro, configuración del sistema, binarios del sistema e intercambio.
En cualquier caso, el uso de ecryptfs haría lo que quieras. Asegúrese de tener cargados ecryptfs-utils.
Si no le teme a la documentación técnica, puede probar estos excelentes documentos de Ubuntu:
EncryptedFilesystemOnIntrepid
EncryptedFilesystems
Si es posible la instalación, puede intentarlo; creo que requiere que LVM use cifrado.