No soy profundo en la desfragmentación, pero me gustaría compartir información sobre su pregunta. Para la primera parte de su pregunta, MSDN menciona los algoritmos de desfragmentación en su blog:
En Windows XP, cualquier archivo que se divide en más de una pieza se considera fragmentado. No es así en Windows Vista si los fragmentos son lo suficientemente grandes: se cambió el algoritmo de desfragmentación (de Windows XP) para ignorar partes de un archivo que son más grandes que 64 MB. Como resultado, defrag en XP y defrag en Vista informarán diferentes cantidades de fragmentación en un volumen. ¿Y cuál es la correcta? Bueno, antes de que la pregunta pueda ser respondida, debemos entender por qué se cambió la desfragmentación en Vista. En Vista, analizamos el impacto de la desfragmentación y determinamos que las ganancias de rendimiento más significativas de la desfragmentación se producen cuando los archivos se combinan en fragmentos lo suficientemente grandes como para que el impacto de la latencia de búsqueda de disco no sea significativo en relación con la latencia asociada con la lectura secuencial el archivo.hay un punto después del cual la combinación de fragmentos fragmentados de archivos no tiene ningún beneficio apreciable .
Puede leer el artículo completo desde aquí: Ingeniería de Windows 7 - Desfragmentación de disco.
Para la segunda parte de su pregunta, Piriform Docs tiene una respuesta:
Defraggler tiene dos modos diferentes para la desfragmentación: desfragmentación regular y desfragmentación rápida. Quick Defrag es más rápido, pero los resultados no son tan óptimos como con una desfragmentación regular.
Quick Defrag funciona más rápido saltando sobre archivos que tienen ciertas propiedades. Estos se especifican en la pestaña Desfragmentación rápida del cuadro de diálogo Opciones.
La regla predeterminada de Desfragmentación rápida es omitir archivos con fragmentos de más de 50 MB.
Para una mejor comprensión de la desfragmentación, Wikipedia tiene una buena página .