Respuestas:
Suponiendo que haya verificado que hacer clic derecho y "Organizar iconos por> Mostrar iconos de escritorio" está marcado, lo único que me viene a la mente es que el Asistente de limpieza de escritorio ha ejecutado y eliminado los iconos no utilizados, que bien podrían ser la mayoría / todos si utiliza los menús, Inicio rápido o algo así como Launchy para ejecutar sus programas.
Intente usar las utilidades de Tuneup (demo o completa) para resolver el problema. Puede deberse a un problema de registro o los íconos se pueden mover