Respuestas:
La mayoría de los clientes comunes de línea de comandos deben compilar bajo cygwin en Windows. Tengo rtorrent ejecutándose de esta manera en un par de máquinas con Windows.
Editar: otro pensamiento: supongo que los clientes basados en Python también deberían ejecutarse en Windows si instala Python. Aunque no puedo pensar en un cliente que se mantenga activamente (el cliente "oficial" original estaba basado en Python, pero IIRC uTurrent lo reemplazó).
Sé que Transmission tiene un cliente de línea de comandos para sus versiones de Unix que se llama transmission-cli
.
Y sé que tienen un cliente de Windows, pero es nuevo.
Puede tener una interfaz de línea de comando. Vale la pena echarle un vistazo