El dispositivo PCIe EP no pudo enumerar siempre

Tengo un dispositivo EP (Endpoint) pcie y el host Linux PC está actuando como RC (Root-Complex).
Información de configuración : para Linkup, enciendo la PC host y luego enciendo el dispositivo EP (ya que el reloj proviene de la PC host) y ejecuto el script pll-lock para el dispositivo EP y luego reinicio la PC (sin un ciclo de encendido completo) .

Problema : Ahora, mi EP se enumerará a veces solo (3 de cada 10) veces, pero una vez que se conecte, reiniciar la PC host o apagar y encender el dispositivo EP dará como resultado la vinculación siempre. ¿Está esto relacionado con la sincronización del bus BIOS / PCIe? ¿Cuál puede ser la causa? Alguna sugerencia.