Hay dos tipos principales de distribuciones de Linux. Las distribuciones basadas en Debian y Red Hat representan un gran porcentaje de las distribuciones existentes.
La principal diferencia entre ellos es la gestión de paquetes. Si están basados en Debian, lo más probable es que utilicen el sistema dpkg & apt / deb; si es un sistema Red Hat, lo más probable es que use yum / rpm. Aparecen muchas distribuciones porque alguien no estaba satisfecho con la administración del paquete, por lo que la mayoría tendrá alguna forma de interfaz gráfica que es diferente, pero el sistema subyacente es el mismo.
Si aprende a usar apt-get y yum, cubrirá el 80% de las distribuciones y el 99% de los sistemas que probablemente encontrará.
Cada distribución hará algo un poco diferente con el administrador de ventanas. La mayoría de las distribuciones principales eligen entre KDE y Gnome, y Gnome parece ser la popular en este momento. Sin embargo, lo mejor de Linux es que puede cambiar el administrador de ventanas si lo desea (¡vaya a Window Maker!).
Si aprende la línea de comando, no hay "mucha" diferencia, pero los cambios de GUI entre las distribuciones definitivamente influirán en su elección. Además, algunas distribuciones se envían con controladores que facilitarán ciertos equipos como las tarjetas de video.
Recomiendo encarecidamente Linux Mint para sistemas domésticos y Vanilla Debian, Ubuntu (edición de servidor) o CentOS para servidores.