WinSCP es un programa de transferencia de archivos, no tiene el concepto de empresas, ni está relacionado de ninguna manera con la banca. Así que la pregunta necesita mucho más contexto para tener sentido. Mucho Más.
WinSCP es compatible con servidores SFTP (transferencia de archivos SSH), servidores FTPS (FTP-TLS) y el servidor SCP / FTP / WebDAV ocasional. Es similar a, por ejemplo, FileZilla.
Es posible que su organización ya use (ejecute o tenga acceso a) un servidor SFTP o FTPS que contenga esos archivos bancarios, y posiblemente tenga una cuenta de usuario por compañía (o al menos una carpeta por compañía).
Más allá de eso, la tarea que describió es específica de los sistemas internos de su organización, no es algo que el público en general pueda adivinar o ayudar.