Todo depende de la configuración que desee hacer.
Una configuración de trabajo puede ser:
Particione y formatee sus unidades de la forma que desee.
Instale VeraCrypt y monte todos sus contenedores o particiones encriptados. Mientras los contenedores están montados, instale Deep Freeze Alternate con la opción de congelar solo la unidad C :.
Al instalar Deep Freeze Alternate, debería ver todas las particiones y unidades montadas. De lo contrario, puede restablecer el estado congelado en cualquier otra unidad que no vea inicialmente.
En conclusión, DF su C: y deje que las otras particiones (como D: con haya encriptado los volúmenes y los volúmenes montados) sin tocar.