Primero, los programas mismos probablemente tendrán opciones que le permitirán decirles que no comiencen al iniciar sesión o al cargar el sistema. El uso de esta función suele ser mejor porque muchos programas también verifican su configuración, y si su configuración dice que deberían iniciarse cuando se inicia Windows, se restablecerán para hacerlo, ya sea que use autorns, msconfig o cualquier otra herramienta.
Para aquellos programas que no tienen una opción fácil para detenerse, recomendaría CCleaner. Le permite deshabilitar la mayoría de los programas de inicio muy fácilmente, al tiempo que oculta algunas de las funciones profundas y críticas del sistema que revelan otros programas, como las ejecuciones automáticas.