Sobre todo, no importa.
Una excepción es cuando se instalan sistemas operativos heredados en unidades modernas.
Los instaladores de sistemas operativos antiguos tendían a alinear particiones en los límites del "cilindro". En particular, iniciar la primera partición al comienzo del "cilindro" 1 (el sector 0 estaba reservado para el código de arranque y la tabla de partición).
El sistema operativo normalmente consideraría que las unidades modernas tienen 255 "sectores" por "pista" y "63" cabezas. Entonces cada "cilindro" tendría 16065 sectores.
Esto estuvo bien hasta que aparecieron las unidades de "formato avanzado". Estas unidades tienen un tamaño de sector físico de 4KiB pero un tamaño de sector lógico de 512 bytes. Funcionan mucho mejor si las lecturas y escrituras (especialmente escrituras) son múltiplos de 4KiB de tamaño y están alineadas en un límite de 4KiB (8 sectores lógicos). Las escrituras no alineadas se traducirán en una operación de lectura-modificación-escritura que corre el riesgo de pérdida de datos.
El resultado de esto es que si está utilizando una unidad de "formato avanzado", realmente desea que sus particiones comiencen en un límite de 4KiB (8 sectores lógicos).
Notará que 16065 no es divisible por 8. Por lo tanto, es muy probable que el uso de una herramienta de sistema operativo anterior para particionar una unidad moderna provoque una desalineación.