Estaba un poco indeciso para publicar una respuesta ya que parte de esto será mi opinión. Lo que no es una opinión es que a partir de Windows 7 (Server 2008 R2) Powershell es un componente integral del sistema operativo. Actualmente hay esencialmente dos pistas de desarrollo simultáneas para Powershell. Existe la versión específica de Windows que tiene un número de versión más reciente de 5.1 y una versión multiplataforma que es la versión 6. Powershell 5 no tiene previsto recibir más actualizaciones de funciones, pero continuará con la revisión. Powershell 6 es la forma en que Microsoft planea avanzar.
Ahora llegamos a la parte de opinión. En este momento, en el trabajo que hago, al menos se carece de powershell 6. Hay cmdlets que existen en 5 que o bien no existen en 6 o los módulos en los que están no son compatibles con 5. Así que para mí (y en mi opinión, para muchas tareas de administración diarias) powershell 6 no es actualmente un Opción válida.
Para responder a su pregunta directamente, no puede tener sólo PowerShell v6 en una máquina de Windows. Todavía debe tener una de las versiones específicas de Windows. Por lo tanto, si solo desea una versión y desea la última versión, le sugeriría que elimine v6 e instale v5.1.
Referencias:
Cómo desinstalar Windows Powershell
Mapa de Powershell 6