Chrome no comparte cookies entre perfiles. Cada perfil tiene su propio directorio de datos para que no se comparta nada.
Puede leer más sobre dónde encontrar sus datos de usuario en esta página: https://chromium.googlesource.com/chromium/src/+/HEAD/docs/user_data_dir.md
Su próxima sospecha es válida: Facebook tiene mecanismos de seguimiento que funcionan incluso cuando no está visitando Facebook directamente, incluso si no está conectado.
Si un sitio web que visita tiene algún tipo de integración con Facebook (inicio de sesión con Facebook, me gusta o compartir botones, anuncios de Facebook), entonces eso le permite a Facebook rastrear lo que está haciendo en ese sitio web. Incluso si no haces clic en ninguna de esas cosas.
Puede leer más sobre cómo funciona eso en esta página: https://newsroom.fb.com/news/2018/04/data-off-facebook/