Respuestas:
Cuando desmarca un elemento de la lista dentro de msconfig, el elemento en realidad no desaparece. Incluso es posible desmarcar un programa, desinstalar ese programa y aún hacer que aparezca en msconfig como desmarcado.
Esto sucede porque msconfig realmente no elimina elementos de la lista, solo los mueve en el registro.
La lista de elementos marcados se completa desde estas ubicaciones de registro
Y la lista de elementos sin marcar se rellena desde
Entonces, cuando deshabilita un elemento de inicio de msconfig, mueve la entrada de una de las ubicaciones top3 a una de las 2 inferiores.