Esta será mi opinión, ya que usted es el que corre el riesgo y, como muestran los comentarios, hay varias formas de manejarlo. Después de todo, ya presentó dos de los suyos.
Si nos fijamos en el artículo de Wikipedia sobre RAID 6 dice:
Según la Asociación de la Industria de Redes de Almacenamiento (SNIA), la definición de RAID 6 es: "Cualquier forma de RAID que pueda continuar ejecutando solicitudes de lectura y escritura en todos los discos virtuales de una matriz RAID en presencia de dos fallas de disco concurrentes. Se han utilizado varios métodos, incluidos los cálculos de datos de doble verificación (paridad y Reed-Solomon), datos de verificación de doble paridad ortogonal y paridad diagonal, para implementar el nivel 6 de RAID ".
Por lo tanto, el nivel de RAID debería estar bien incluso si elimina dos discos a la vez. Dicho eso, no lo haría. La eliminación de discos podría afectar el rendimiento de la matriz de discos (dependiendo de la carga) y también significaría que con un error adicional podría poner en peligro la matriz completa.
Como tal, optaría por reemplazar el disco que parece peor, esperar a que termine la reconstrucción y reemplazar el segundo disco.