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En serio, no puedes meterte con las configuraciones internas clave de Windows, como la ubicación de los archivos de programa , si cambiar esa ubicación fuera tan fácil, Windows ofrecería una opción para hacerlo. Esto es como abrir el capó de su automóvil, moverse un poco y luego preguntarse por qué el automóvil tuvo un comportamiento extraño después de eso.
La solución es volver a la configuración original y esperar que no haya estropeado otras cosas. Esta configuración solo se puede cambiar al instalar Windows (aunque necesita herramientas profesionales para hacerlo, y tal vez una versión Pro o Enterprise de Windows).
Si tienes suerte, un enlace simbólico puede ayudarte. Revierta los cambios de su registro y cree el enlace simbólico en la posición original de los Archivos de programa, apuntando a su nueva ubicación. Si esto solo no funciona, verifique los permisos en el enlace y en el nuevo destino, ya que Windows puede ser muy exigente al respecto, solo compárelo con una versión no modificada de Windows.
Algo como esto debería ser el comando
C:/>mklink /D "Program Files (x86)" "D:\Program Files (x86)"
Incluso si parece funcionar en primer lugar, aún podría experimentar algunos errores desagradables, ya que no está destinado a hacerse.