Los programas de Windows, denominados aplicación (lication) hoy en día, pueden guardar la posición de su ventana en un archivo o en el registro. Si se sabe dónde están estos datos, se pueden editar manualmente en el bloc de notas o el editor de registro. (entradas de registro incorrectas pueden causar inestabilidad de Windows o errores)
La creación de una forma automatizada debería ser fácil para alguien con un poco de habilidades de codificación y puede iniciarse según sea necesario (es decir, después de volver a conectar el monitor). Esto podría hacerse mediante un script de acción, un archivo .bat o una aplicación nativa.
Sin embargo, las aplicaciones en cuestión deberán cerrarse antes de esto para que se puedan implementar las posiciones deseadas.
Otra posibilidad con capacidad "en línea" (no es necesario reiniciar la aplicación) sería si Windows permite acceder a una ventana de un proceso por otro. Un enfoque podría ser las funciones SendMessage y WindowProc.
(No estoy seguro en este momento si esto solo se aplica a los subprocesos de la aplicación principal o también se puede hacer mediante subprocesos de otras aplicaciones ... y, por supuesto, requiere un buen conocimiento en programación para Windows)
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms644950%28v=vs.85%29.aspx?f=255&MSPPError=-2147217396
Envía el mensaje especificado a una ventana o ventanas. [...] Si la ventana especificada fue creada por el hilo de llamada, el procedimiento de la ventana se llama inmediatamente como una subrutina. Si la ventana especificada fue creada por un hilo diferente, el sistema cambia a ese hilo y llama al procedimiento de ventana apropiado.
Mensaje WM_Move
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/desktop/winmsg/wm-move
Enviado después de que se haya movido una ventana.
Una ventana recibe este mensaje a través de su función WindowProc.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms633573%28v=VS.85%29.aspx?f=255&MSPPError=-2147217396
Una función definida por la aplicación que procesa los mensajes enviados a una ventana. [...]