La respuesta que busca tiene dos partes:
1) Un controlador de hardware
2) Un sistema de archivos
Como dijiste, en un HDD (a diferencia de otras tecnologías como SSD), los datos reales se escriben en placas de metal redondas como anillos circulares concéntricos que sostienen un campo magnético estampado. Sobre los platos que contienen estos datos está el cabezal de escritura que se mueve para leer y escribir datos, muy parecido a un reproductor de discos de vinilo. Los platos sobre los que se mueve están unidos a un motor eléctrico que controla su rotación.
Un controlador de hardware actúa como una interfaz entre el sistema operativo y el disco duro. El controlador puede leer la posición del cabezal de escritura, así como la rotación de los platos y utiliza esta información para decidir cómo colocar el cabezal y los platos para leer y escribir. Traduce las solicitudes de lectura y escritura del sistema operativo en señales de control que mueven el cabezal de escritura y giran los platos, además de convertir los datos paralelos que ingresan desde el sistema operativo en una sola línea de datos en serie. También divide esta línea serial y decide en qué ubicación física o sector colocar cada pieza y registra esta información de la manera especificada por el sistema de archivos.
El sistema de archivos es una especificación de cómo y dónde almacenar datos. El sistema operativo de la computadora sabe cómo interpretar este sistema de archivos y utiliza este conocimiento para comunicarse adecuadamente con el controlador de hardware, en este caso desglosando los anillos circulares de datos en segmentos utilizables llamados sectores e indicando al sistema de archivos dónde se encuentran físicamente estos sectores. El sistema de archivos le da a cada sector una dirección, que es solo un número único, y el controlador de hardware traduce esta dirección en una rotación de plato específica y en una posición del cabezal de lectura para comenzar a leer o escribir.
Para obtener más información, las siguientes secciones en estos artículos de Wikipedia son bastante útiles:
Consulte la Introducción y la sección 3.1 "Gestión del espacio" aquí:
https://en.wikipedia.org/wiki/File_system
Consulte la sección 2.1 "Grabación magnética" aquí:
https://en.wikipedia.org/wiki/Hard_disk_drive#Magnetic_recording