TL; DR Tape sobre él.
Sin tener en cuenta si es una buena idea o no *, la forma más fácil de 'deshabilitar' el LED es más probable que abra la carcasa de su computadora portátil y desconecte el cable plano del LED. A menos que sea una posibilidad, la siguiente solución más práctica sería colocar cinta (o una pegatina estéticamente agradable) sobre el LED.
Si bien puede ser teóricamente posible modificar el firmware del chip en algún lugar de su placa base para desactivar el LED, no habrá una manera fácil de hacerlo en una configuración de software expresamente porque los ingenieros que diseñan las computadoras, por varias razones * creen que es un mala idea.
* Ver, por ejemplo, http://forum.notebookreview.com/threads/how-to-disable-the-hard-drive-led-through-windows.239562/page-2#post-3236374