Aunque no existe un administrador de paquetes oficial de Unix / FOSS para Mac OS X, debe tenerse en cuenta que MacPorts fue creado y aún es mantenido principalmente por los ingenieros de Mac OS X / Darwin de Apple. El sitio web macports.org está alojado en los servidores de Apple, como parte del proyecto "MacOSForge.com" de Apple. Debido a que Mac OS X / Darwin está basado en * BSD, muchos de los ingenieros de software de capa Unix de Apple provienen de las tradiciones * BSD, por lo que modelaron MacPorts según el modelo de "puertos" * BSD.
Fink fue el administrador original de paquetes de código abierto para Mac OS X, pero no tiene lazos organizativos estrechos con Apple, y eligió seguir la tradición apt-get de Debian Linux.
No estoy seguro de que ninguno de los detalles anteriores sea suficiente para recomendar uno sobre el otro. Yo diría que todo se reduce a qué modelo ya estás más familiarizado. Si está más familiarizado con apt-get, vaya con Fink. Si está más familiarizado con los "puertos" BSD, vaya con MacPorts.
Como han dicho otros, es mejor dejar solo las herramientas Unix predeterminadas de Mac OS X. Fink y MacPorts ya han aprendido esa lección e instalan sus propias copias de cosas en sus propias jerarquías de directorios (/ sw para Fink, / opt para MacPorts). Homebrew aún no ha aprendido completamente esa lección, pero lo harán, tan pronto como algún usuario use Homebrew para actualizar la copia incorporada de, por ejemplo, Perl o Python, y tiene un problema de compatibilidad imprevisto que rompe las piezas incorporadas de Mac OS X, como los paquetes de instalación (archivos de paquete Mac OS X .pkg) que usan scripts de Perl para realizar algunas de las tareas de instalación.