Atom D510 no tiene PCIe onchip, tiene x4 DMI que debe conectarse a un chipset de puente. Como @mirh menciona y confirma en el diagrama en la página 6 del esquema de referencia D510 de Intel http://www.intel.com/content/dam/www/public/us/en/documents/schematic/dev-board-1- n450-d510-schematics.pdf , eso es Gen1, así que solo 250 MB / seg (el esquema muestra el chip de puente ICH8M).
En un servidor basado en Xeon, suponiendo al menos PCIe Gen2, puede esperar ver una velocidad 2x.
Editar: también encontré este hilo del foro de Intel ( https://embedded.communities.intel.com/thread/2464 ) donde el OP parece haber realizado mediciones cuidadosas de PCIe usando el chip de puente ICH8M, y está informando lecturas 2.5 veces más lentas de lo que escribe Si sus pruebas dependen del rendimiento de lectura, entonces este plus Gen1 le ofrece una ralentización 5x en comparación con un servidor Xeon Gen2. Eso todavía no tiene en cuenta la desaceleración 10x que mencionó en su "Respuesta como comentario" (en la que mencionó 10 veces más lento para Ubuntu 16.04 y 20 veces más lento que CentOS 7.3, ambos en un servidor Gen2 Xeon, y que supongo los moderadores lamentablemente han eliminado).
También podría sugerirle cambiar su título a algo así como "rendimiento Atom PCIe" ya que esta es una discusión específica de Atom.