Respuestas:
La forma más fácil es, con mucho, simplemente ejecutar un forbucle sobre todos los archivos. Lo bueno es que set(la entrada para el forbucle) acepta los mismos comodines que los regulares cmd.
Para usar en un archivo por lotes:
FOR %%f IN (*) DO command.jar %%f
Para usar desde la línea de comando:
FOR %f IN (*) DO command.jar %f