He deseleccionado la opción "Iniciar Skype cuando inicio Windows", finalicé Skype, lo inicié y volví a marcar. Desde entonces comienza por su cuenta. No tengo idea de lo que estaba mal.
Bueno, a veces comienza, a veces no. Todavía no tengo idea de qué estaba mal o cómo solucionarlo.
La solucion de Skype no se ejecuta automáticamente al inicio También ha trabajado para mí. Para hacer las cosas más difíciles, la ejecución automática de SysInternals no mostraba la doble barra diagonal inversa, solo una, por lo que no detecté el problema al inspeccionar el problema. Esta vez he usado regedit y el problema era obvio.