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He tenido este problema con mi SSD interna una vez (256 gb), me dijo que tenía 200 mb de espacio libre a pesar de que los datos en la unidad solo ocupaban ~ 140 gb. Esto parece ser un problema con la forma en que Windows maneja los archivos.
Solucioné esto migrando mi perfil de usuario, fallando y teniendo que mover todo hacia atrás. Tuve que cambiar algunos valores de registro, por lo que podría intentar ejecutar C-Cleaner o una herramienta de limpieza de registro similar y ver si hace alguna diferencia.