Probaría Process Monitor de Sysinternals, que debería permitirle ver qué tipo de acceso a los archivos se realizan cuando abre un archivo.
Según tengo entendido, Explorer intenta encontrar iconos para cada archivo que a veces intenta localizar la aplicación asociada (por lo que muestra el icono de Excel junto a un archivo de Excel, etc.). Sin embargo, si hay una aplicación ubicada en una carpeta de red (o en una tarjeta de memoria), esto puede ralentizarla. Y, por supuesto, si la ruta de la unidad no está allí, por ejemplo, una tarjeta de memoria que no está conectada o la ruta de red que no puede encontrar, o si se deniega el permiso del archivo, esto ralentizará las cosas.
Process Monitor también le mostrará muchas otras cosas que suceden cuando abre una ventana, por ejemplo, a veces cuando el explorador intenta acceder a una aplicación para determinar el ícono del archivo, esto desencadena un análisis antivirus.
Tenga en cuenta que se suponía que los íconos estaban en caché, para evitar búsquedas repetidas, pero eso puede no estar sucediendo. Hay una clave de registro que controla el tamaño del caché
Hkey_Local_Machine \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Explorer \ Max Cached Icons
(El mío está configurado en 2000, pero tal vez puedas intentar aumentarlo).
El caché también puede corromperse, pero nunca escuché que esto causara una desaceleración, sino que a veces causa que los íconos no se dibujen correctamente.