Bueno, no es que Microsoft haya deshabilitado deliberadamente el soporte de Noto Emoji. Más simplemente, simplemente no es compatible con el formato que utiliza Noto.
Si bien casi todas las fuentes con las que trata están basadas en OpenType, hay varias extensiones de fuente de color diferentes para OpenType: Segoe UI Emoji usa el formato propio de Microsoft (dibujos vectoriales en capas en COLR / CPAL), mientras que Noto Emoji Color usa el propio Google (imágenes de mapa de bits en CBDT / CBLC). También está el formato "SVG" de Adobe y el "sbix" de Apple.
Noto se dibuja originalmente en formato SVG, por lo que incluye la tabla "SVG" de Adobe junto con los mapas de bits de Google, porque es bastante simple. Pero el formato en capas de Microsoft es bastante diferente, por lo que no estoy seguro de si la conversión automática sería fácil o incluso posible.
Consulte también el número 43 "NotoColorEmoji.ttf no es una fuente válida en Windows" en GitHub para obtener una explicación más detallada.
Hace un tiempo, solía haber un "Adobe Type Manager" que agregaba soporte para las fuentes Tipo-1, cuando Windows solo admitía TrueType. Pero no he oído hablar de nada que agregue soporte para diferentes tipos de fuentes emoji ...
¿Tal vez te guste el nuevo Segoe Emoji que trae Build 14316 ?
Actualización: Microsoft dice que la actualización "Aniversario" de 2016 finalmente admite todos los formatos anteriores.