Hay más de un tipo de atajos en las ventanas. En este caso, tiene algunos que se denominan "accesos directos anunciados" o "accesos directos del instalador de Windows". Probablemente notará que tampoco puede especificar la ruta al ejecutable con dicho acceso directo. La idea con ellos es que el acceso directo no se vincula al programa sino a alguna configuración en caché. En caso de que se detecte un error, debería ser posible volver a ejecutar partes de la instalación para remediar el problema. Debido a eso, el ícono también es parte del msi en esa caché, de modo que si el ejecutable del programa está dañado (lo que podría no tener ningún ícono) en el mejor de los casos, el ícono aún se muestra correctamente. En el inicio del programa, el daño sería detectado y reinstalado.
Sin embargo, es dudoso si alguna vez hubieras necesitado realmente este mecanismo, ya que la corrupción en los programas instalados no es algo común. Entonces, como elusión, puede eliminar a mano todos los accesos directos anunciados y reemplazarlos por otros "normales". Estos apuntarían directamente a los ejecutables y usarían su ícono incrustado o un archivo ico en la misma ubicación. A veces puede ser un poco difícil encontrar el ejecutable correcto, pero el programa es completamente independiente del mecanismo de reparación para que funcione normalmente.
Como nota final: no elimine ningún archivo en su carpeta% SystemRoot%, si no está 101% seguro de lo que hacen.