Los criterios para una carpeta de búsqueda personalizada serían (Criterios de carpeta de búsqueda | pestaña "Avanzado" | botón "Campo" | Todos los campos de correo):
La clase de mensaje contiene IPM.Note.SMIME (para ambos mensajes firmados / cifrados);
La clase de mensaje es (exactamente) IPM.Note.SMIME (solo para mensajes cifrados);
La clase de mensaje es (exactamente) IPM.Note.SMIME.MultipartSigned (solo para mensajes firmados que no están encriptados).
Gracias, esto funciona perfectamente, a excepción de todos los correos electrónicos que están en nuestro sistema de archivo empresarial. :( Pero eso no era parte de mi pregunta :)