Ni concatenar ni ejecutar cada iteración de entrenamiento con una secuencia diferente es lo correcto. El enfoque correcto requiere alguna explicación:
Por lo general, uno entrena un HMM usando un algoritmo EM. Esto consiste en varias iteraciones. Cada iteración tiene un paso "estimar" y un paso "maximizar". En el paso "maximizar", alinea cada vector de observación x con un estado s en su modelo para que se maximice alguna medida de probabilidad. En el paso "estimación", para cada estado s, usted estima (a) los parámetros de un modelo estadístico para los vectores x alineados con sy y (b) las probabilidades de transición de estado. En la siguiente iteración, el paso de maximización se ejecuta nuevamente con los modelos estadísticos actualizados, etc. El proceso se repite varias veces o cuando la medida de probabilidad deja de aumentar significativamente (es decir, el modelo converge a una solución estable). Finalmente, (al menos en reconocimiento de voz) un HMM típicamente tendrá un "inicio" designado
Entonces, si tiene múltiples secuencias de entrenamiento, en el paso de estimación debe ejecutar cada secuencia para que su vector de observación inicial se alinee con el estado inicial. De esa manera, las estadísticas sobre ese estado inicial se recopilan de las primeras observaciones sobre todas sus secuencias de observación, y en general los vectores de observación están alineados con los estados más probables en cada secuencia. Solo haría el paso de maximizar (y las iteraciones futuras) después de que se hayan proporcionado todas las secuencias para el entrenamiento. En la próxima iteración, harías exactamente lo mismo.
Al alinear el inicio de cada secuencia de observación con el estado inicial, evita el problema de concatenar secuencias en las que estaría modelando incorrectamente las transiciones entre el final de una secuencia y el comienzo de la siguiente. Y al usar todas las secuencias en cada iteración, evita proporcionar secuencias diferentes para cada iteración, lo que, como señaló el respondedor, no garantizará la convergencia.