Descargo de responsabilidad: sigue una opinión personal altamente subjetiva ...
Para teoría y aplicaciones, no puedo recomendar modelos lineales generalizados y extensiones de Hardin e Hilbe demasiado. Utiliza SPSS Stata, (ambos) que nunca uso y no sé nada, pero cubre la teoría y tiene un conjunto muy rico de ejemplos. Si tuviera que elegir un libro para empezar, sería este.
Un libro más centrado en la teoría es Modelos generalizados, lineales y mixtos de McCulloch, Searle y Neuhaus. Esto tiene menos ejemplos que Hardin e Hilbe, pero va más allá de los efectos aleatorios tanto para el modelo lineal como para el GLM. Este es mi libro GLM favorito, porque conecta muchas cosas, pero si no te interesan los efectos aleatorios, puede ser excesivo.
Lo que yo llamaría una referencia canónica para GLM son los modelos lineales generalizados de McCullagh y Nelder. Es un título un poco más antiguo, pero lo disfruté mucho.
Los modelos lineales generalizados con aplicaciones en ingeniería y ciencias de Myers, Montgomery, Vining y Robinson pasan un poco más de tiempo en los GLM binarios / poisson y también tienen ejemplos interesantes. La nueva edición tiene ejemplos en algunos idiomas, incluido R.
Recogí Faraway's Extendiendo el modelo lineal con R: modelos lineales generalizados, de efectos mixtos y modelos de regresión no paramétricos hace un tiempo, y ha sido muy útil para ayudarme a hacer cosas en R, aunque no es un buen libro de "autodidacta GLM". Pero puede ser un buen compañero para algunos de los otros libros que existen.