Cómo probar si la varianza de dos distribuciones es diferente si las distribuciones no son normales


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Estoy estudiando dos poblaciones geográficamente aisladas de la misma especie. Al inspeccionar las distribuciones, veo que ambas son bimodales (hay cierta estacionalidad en su ocurrencia), pero los picos en una población son mucho más altos y mucho más estrechos (es decir, la variación de los picos locales es menor).

¿Qué tipo de prueba estadística sería apropiada para determinar si estas diferencias son significativas?

Para aclarar, mi eje y es el número de individuos identificados en una trampa en un día en particular, y el eje x es el día juliano.


Puede intentar hacer una detección atípica. en.wikipedia.org/wiki/Outlier .

¿Eres capaz de escribir un modelo estadístico? Además, hay muchas formas diferentes de especificar "las variaciones no son iguales" y "las variaciones son iguales" y su conclusión bien puede depender de las elecciones particulares que haga, especialmente si es una diferencia sutil. Por lo tanto, es mejor usar un modelo elegido por usted, en lugar de uno elegido por alguien sin contexto.
probabilidadislogica

1
¡Son ambos! Tienes una serie temporal de recuentos.
whuber

1
Sería de gran ayuda tener un modelo, o al menos alguna teoría sugerente, que intente explicar por qué algunos picos serían más estrechos y otros más anchos. Debido a que está interesado en el ancho de estos picos, debe tener al menos un modelo conceptual , si no uno cuantitativo. ¿Qué mecanismos supone que producen tales picos y gobiernan sus anchos? ¿Tiene información independiente que sugiera cuándo deberían ocurrir los picos? (Esto reduce la incertidumbre en la identificación de los picos). ¿Los picos ocurren simultáneamente o en diferentes momentos?
whuber

2
@whuber, los picos de las dos poblaciones son casi contemporáneos. Uno está en latitudes templadas, y uno está en latitudes tropicales. Nuestra hipótesis es que la población tropical tiene un nicho ecológico más estrecho que la población templada (es decir, una gran cantidad de depredadores y patógenos presiona a la población a un tiempo de emergencia limitado). ¿Eso ayuda?
Atticus29

Respuestas:


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¿Son estas distribuciones de algo a lo largo del tiempo? Cuenta, tal vez? (Si es así, es posible que necesite algo bastante diferente de las discusiones aquí hasta ahora)

Lo que describe no suena como si estuviera muy bien recogido como una diferencia en la variación de las distribuciones.

Parece que está describiendo algo vagamente como esto (ignore los números en los ejes, es solo para dar una idea del tipo general de patrón que parece estar describiendo):

picos bimodales

Si eso es correcto, entonces considere:

Si bien el ancho de cada pico alrededor de los centros locales es más estrecho para la curva azul, la variación de las distribuciones roja y azul en general apenas difiere.

Si identifica los modos y antimodos de antemano, podría medir la variabilidad local.


Esta es exactamente mi pregunta. ¡Gracias! Entonces, ¿restringir mi rango del eje x para abarcar, por ejemplo, solo el primer pico, y luego realizar ... una prueba F ?? ... sería el mejor enfoque?
Atticus29

Probablemente no desee hacer específicamente una prueba F para las variaciones, creo, por un par de razones (si prueba la variación de esa manera, @fileunderwater ha mencionado algunas alternativas a la prueba F). Pero antes de llegar tan lejos, ¿podría abordar las dos preguntas en la parte superior de mi publicación? ¿Es esta distribución de conteos a lo largo del tiempo?
Glen_b: reinstala a Mónica el

son (ver ediciones de la pregunta).
Atticus29

con la nueva información y según mi comentario a la respuesta anterior de fileunderwater, ¿tiene alguna sugerencia?
Atticus29

1
Parece haber una considerable confusión en la pregunta y en estos comentarios sobre qué es una "variación". En los ejemplos de Glen_b, los datos azules tienen mayores variaciones que los datos rojos alrededor de los dos picos aparentes (cerca de x = 10 yx = 17), porque los datos azules oscilan más entre valores bajos y altos (que se trazan en el eje vertical, no la horizontal, que aparentemente representa el tiempo ).
whuber

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En primer lugar, creo que debería ver las distribuciones estacionales por separado, ya que es probable que la distribución bimodal sea el resultado de dos procesos bastante separados. Las dos distribuciones pueden controlarse mediante diferentes mecanismos, de modo que, por ejemplo, las distribuciones de invierno pueden ser más sensibles al clima anual. Si desea ver las diferencias de población y las razones de esto, creo que es más útil estudiar las distribuciones estacionales por separado.

En cuanto a una prueba, puede probar la prueba de Levine (básicamente una prueba de homocedasticidad), que se utiliza para comparar las variaciones entre los grupos. La prueba de Bartlett es una alternativa, pero se supone que la prueba de Levene es más robusta a la no normalidad (especialmente cuando se usa la mediana para la prueba). En R se encuentran las pruebas de Levene y Bartlett library(car).


Estoy investigando la prueba de Levene en R (la encontré en el "auto" de la biblioteca). Parece que solo toma un objeto de modelo lineal como argumento. Esto realmente no tiene sentido en mi caso, porque solo quiero comparar la varianza de dos distribuciones (no analizarlas con modelos lineales y validar esas suposiciones). ¿Algún consejo?
Atticus29

1
@ Atticus29 Sí, está en el auto , mi error. Sin embargo, no se basa en un modelo lineal estricto: puede usarlo leveneTest(y ~ as.factor(group), data= datafile)para una prueba de diferencia de varianza entre grupos, y si usa la opción `center =" mediana "es más robusto a la no normalidad. Estrictamente, creo que se llama prueba Brown-Forsythe si se basa en la mediana.
fileunderwater

Ok, entonces, pregunta tonta, pero tengo dos columnas de datos que son recuentos de individuos de una especie particular atrapados en trampas. Estas dos columnas representan recuentos de la misma especie en los mismos días desde diferentes lugares. No estoy seguro de cómo agruparlos usando la ubicación sin perder la información de la fecha usando el formato anterior, si eso tiene sentido ...
Atticus29

@ Atticus ¿Puede incluir algunos datos de muestra en su pregunta (incluidas todas las columnas y variables de clasificación)? Esto ayudaría a aclarar algo de la confusión sobre exactamente qué tipo de datos tiene (ver, por ejemplo, comentarios de @whuber). Tenía la sensación de que había agrupado todos los registros de especies de dos temporadas, pero ahora, cuando vuelvo a leer su Q, este no parece ser el caso, y no estoy seguro de que mi solución sea adecuada. ¿Solo tiene trampas en dos ubicaciones y cuenta diariamente (?) En estas a lo largo del tiempo (durante un solo año)?
fileunderwater

[cnd] ... ¿Cuál crees que es el pico de la última temporada? una segunda generación en el mismo año (¿qué taxones estás estudiando?) o dos fenotipos diferentes? @ Atticus29
fileunderwater

2

Estoy de acuerdo con lo que otros han dicho, a saber, que "varianza" es probablemente la palabra incorrecta para usar (ya que la función que está considerando no es una distribución de probabilidad sino una serie de tiempo).

Creo que es posible que desee abordar este problema desde una perspectiva diferente: simplemente ajuste las dos series de tiempo con curvas BAJAS. Puede calcular intervalos de confianza del 95% y comentar cualitativamente sus formas. No estoy seguro de que necesites hacer algo más elegante que esto.

He escrito un código MATLAB a continuación para ilustrar lo que estoy diciendo. Tengo un poco de prisa pero puedo dar aclaraciones pronto. Gran parte de lo que hice se puede tomar directamente desde aquí: http://blogs.mathworks.com/loren/2011/01/13/data-driven-fitting/

%% Generate Example data
npts = 200;
x = linspace(1,100,npts)';
y1 = (1e3*exp(-(x-25).^2/20) + 5e2*exp(-(x-65).^2/40));
y1_noisy = 50*randn(npts,1) + y1;
y2 = (1e3*exp(-(x-25).^2/60) + 5e2*exp(-(x-65).^2/100));
y2_noisy = 50*randn(npts,1) + y2;

figure; hold on
plot(x,y1_noisy,'ob')
plot(x,y2_noisy,'or')
title('raw data'); ylabel('count'); xlabel('time')
legend('y1','y2')

Es posible que desee normalizar las dos series temporales para comparar sus tendencias relativas en lugar de sus niveles absolutos.

%% Normalize data sets
figure; hold on
Y1 = y1_noisy./norm(y1_noisy);
Y2 = y2_noisy./norm(y2_noisy);
plot(x,Y1,'ob')
plot(x,Y2,'or')
title('normalized data'); ylabel('normalized count'); xlabel('time')
legend('Y1','Y2')

Ahora haga ajustes BAJOS ...

%% Make figure with lowess fits
figure; hold on
plot(x,Y1,'o','Color',[0.5 0.5 1])
plot(x,Y2,'o','Color',[1 0.5 0.5])
plot(x,mylowess([x,Y1],x,0.15),'-b','LineWidth',2)
plot(x,mylowess([x,Y2],x,0.15),'-r','LineWidth',2)
title('fit data'); ylabel('normalized count'); xlabel('time')

ingrese la descripción de la imagen aquí

Finalmente, puede crear bandas de confianza del 95% de la siguiente manera:

%% Use Bootstrapping to determine 95% confidence bands
figure; hold on
plot(x,Y1,'o','Color',[0.75 0.75 1])
plot(x,Y2,'o','Color',[1 0.75 0.75])

f = @(xy) mylowess(xy,x,0.15);
yboot_1 = bootstrp(1000,f,[x,Y1])';
yboot_2 = bootstrp(1000,f,[x,Y2])';
meanloess(:,1) = mean(yboot_1,2);
meanloess(:,2) = mean(yboot_2,2);
upper(:,1) = quantile(yboot_1,0.975,2);
upper(:,2) = quantile(yboot_2,0.975,2);
lower(:,1) = quantile(yboot_1,0.025,2);
lower(:,2) = quantile(yboot_2,0.025,2);

plot(x,meanloess(:,1),'-b','LineWidth',2);
plot(x,meanloess(:,2),'-r','LineWidth',2);
plot(x,upper(:,1),':b');
plot(x,upper(:,2),':r');
plot(x,lower(:,1),':b');
plot(x,lower(:,2),':r');
title('fit data -- with confidence bands'); ylabel('normalized count'); xlabel('time')

Ahora puede interpretar la cifra final como lo desee, y tiene los ajustes BAJOS para respaldar su hipótesis de que los picos en la curva roja son en realidad más amplios que la curva azul. Si tiene una mejor idea de cuál es la función, podría hacer una regresión no lineal.

Editar: Basado en algunos comentarios útiles a continuación, estoy agregando algunos detalles más sobre la estimación explícita de los anchos de pico. Primero, debe llegar a una definición de lo que está considerando que es un "pico". Quizás cualquier golpe que se eleve por encima de algún umbral (algo así como 0.05 en las parcelas que hice arriba). El principio básico es que debe encontrar una manera de separar los picos "reales" o "notables" del ruido.

Luego, para cada pico, puede medir su ancho de varias maneras. Como mencioné en los comentarios a continuación, creo que es razonable observar el "ancho medio máximo", pero también podría ver el tiempo total en que el pico se encuentra por encima de su umbral. Idealmente, debe usar varias medidas diferentes de ancho de pico e informar qué tan consistentes se les dieron estas opciones a sus resultados.

Cualquiera sea su métrica (s) de elección, puede usar bootstrapping para calcular un intervalo de confianza para cada pico en cada traza.

f = @(xy) mylowess(xy,x,0.15);
N_boot = 1000;
yboot_1 = bootstrp(N_boot,f,[x,Y1])';
yboot_2 = bootstrp(N_boot,f,[x,Y2])';

Este código crea 1000 ajustes de arranque para los trazos azules y rojos en las parcelas anteriores. Un detalle que pasaré por alto es la elección del factor de suavizado 0.15: puede elegir este parámetro para minimizar el error de validación cruzada (consulte el enlace que publiqué). Ahora todo lo que tiene que hacer es escribir una función que aísle los picos y calcule su ancho:

function [t_peaks,heights,widths] = getPeaks(t,Y)
%% Computes a list of times, heights, and widths, for each peak in a time series Y
%% (column vector) with associated time points t (column vector).

% The implementation of this function will be problem-specific...

Luego ejecuta este código en las 1000 curvas para cada conjunto de datos y calcula los percentiles 2.5 y 97.5 para el ancho de cada pico. Ilustraré esto en la serie temporal Y1: usted haría lo mismo para la serie temporal Y2 o cualquier otro conjunto de datos de interés.

N_peaks = 2;  % two peaks in example data
t_peaks = nan(N_boot,N_peaks);
heights = nan(N_boot,N_peaks);
widths = nan(N_boot,N_peaks);
for aa = 1:N_boot
  [t_peaks(aa,:),heights(aa,:),widths(aa,:)] = getPeaks(x,yboot_1(:,aa));
end

quantile(widths(:,1),[0.025 0.975]) % confidence interval for the width of first peak
quantile(widths(:,2),[0.025 0.975]) % same for second peak width

Si lo desea, puede realizar pruebas de hipótesis en lugar de calcular intervalos de confianza. Tenga en cuenta que el código anterior es simplista: supone que cada curva de lowess bootstrapped tendrá 2 picos. Es posible que esta suposición no siempre sea válida, así que tenga cuidado. Solo estoy tratando de ilustrar el enfoque que adoptaría.

Nota: la función "mylowess" aparece en el enlace que publiqué anteriormente. Esto es lo que parece...

function ys=mylowess(xy,xs,span)
%MYLOWESS Lowess smoothing, preserving x values
%   YS=MYLOWESS(XY,XS) returns the smoothed version of the x/y data in the
%   two-column matrix XY, but evaluates the smooth at XS and returns the
%   smoothed values in YS.  Any values outside the range of XY are taken to
%   be equal to the closest values.

if nargin<3 || isempty(span)
  span = .3;
end

% Sort and get smoothed version of xy data
xy = sortrows(xy);
x1 = xy(:,1);
y1 = xy(:,2);
ys1 = smooth(x1,y1,span,'loess');

% Remove repeats so we can interpolate
t = diff(x1)==0;
x1(t)=[]; ys1(t) = [];

% Interpolate to evaluate this at the xs values
ys = interp1(x1,ys1,xs,'linear',NaN);

% Some of the original points may have x values outside the range of the
% resampled data.  Those are now NaN because we could not interpolate them.
% Replace NaN by the closest smoothed value.  This amounts to extending the
% smooth curve using a horizontal line.
if any(isnan(ys))
  ys(xs<x1(1)) = ys1(1);
  ys(xs>x1(end)) = ys1(end);
end

Bienvenido a nuestro sitio y gracias por publicar una respuesta clara y bien ilustrada. Esto parece un buen enfoque y una técnica prometedora. Sin embargo, parece no responder a la pregunta: ¿cómo haría usted para (a) identificar "picos" y (b) probar formalmente sus anchos?
whuber

Mi inclinación sería mostrar las parcelas anteriores y proporcionar interpretación: "Las poblaciones roja y azul muestran dos picos alrededor de t = 25 yt = 65. La población roja, sin embargo, se acerca a estos picos a un ritmo más lento (por ejemplo, para el primero pico, comenzando alrededor de t = 10 vs t = 15 para la población azul) ... "Las bandas de confianza del 95% le dan al lector una idea de lo que se dobla en las curvas son el ruido frente a los efectos reales. Creo que esto debería ser suficiente para explicar el conjunto de datos original descrito para su publicación (si ese es el objetivo final).
Alex Williams

Muchos revisores pares señalarían que (a) estos IC no son IC para los anchos de pico y (b) incluso si lo fueran, la comparación directa de IC no es un procedimiento estadístico legítimo con tasas de error conocidas de Tipo I y Tipo II. De ahí la pregunta original: ¿cómo se prueba formalmente las diferencias visualmente aparentes?
whuber

Si realmente quisiera hacer algunos cálculos "formales" ... Supongo que podría encontrar todos los mínimos / máximos locales en el ajuste lowess (puntos donde la primera derivada es cero), luego calcule la amplitud para cada pico (puede que tenga que ignore los picos de amplitud pequeña) y finalmente calcule la "mitad del ancho máximo" de cada pico (el tiempo entre el momento en que la curva está a mitad de camino hasta cuando la curva está a mitad de camino). Luego, podría hacer un procedimiento de arranque similar al descrito en mi respuesta anterior para ver si el "ancho medio máximo" rojo es consistentemente más grande. Puedo proporcionar más detalles si hay interés.
Alex Williams

Bootstrapping es atractivo, pero no está del todo claro cómo debe llevarse a cabo, dado que no se ha propuesto ningún modelo estadístico específico en la pregunta. Es esencial algún tipo de modelo apropiado para los datos porque (como mínimo) estas series temporales probablemente exhibirán una fuerte correlación serial. Otros detalles son casi tan importantes: ¿cómo se determina qué picos son "pequeños" y cuáles no? ¿Deberían medirse los anchos de pico a media altura o en algún otro punto? ¿Qué grado de suavizado debe usarse para el ajuste lowess? (Hay al menos un parámetro arbitrario para establecer.)
whuber
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