Deberá especificar con precisión qué quiere decir con "diferente". También deberá especificar qué suposiciones está dispuesto a hacer sobre la estructura de correlación en serie dentro de cada serie de tiempo.
Con las pruebas t, está comparando la media de cada grupo y supone que los grupos consisten en observaciones independientes con varianzas iguales (este último a veces se relaja). Cuando se prueban series de tiempo, el supuesto de independencia generalmente no es razonable, pero luego debe reemplazarlo con una estructura de correlación específica; por ejemplo, puede suponer que las series de tiempo siguen procesos AR (1) con autocorrelación igual. En consecuencia, incluso comparar las medias de dos o más series de tiempo es considerablemente más difícil que con datos independientes.
Especificaría cuidadosamente las suposiciones que estaba dispuesto a hacer sobre cada serie de tiempo y lo que deseaba comparar, y luego usaría un bootstrap paramétrico (basado en el modelo asumido) para llevar a cabo la prueba.