En general, se prefieren los medios armónicos cuando se intenta promediar tasas, en lugar de números enteros. En el caso de una medida F1, una media armónica penalizará precisiones o recordatorios muy pequeños, mientras que la media aritmética no ponderada no lo hará. Imagine promediar 100% y 0%: la media aritmética es 50% y la media armónica es 0%. La media armónica requiere que tanto la precisión como el recuerdo sean altos.
Además, cuando la precisión y la recuperación están juntas, la media armónica estará cerca de la media aritmética. Ejemplo: la media armónica del 95% y el 90% es del 92,4% en comparación con la media aritmética del 92,5%.
Si esta es una propiedad deseable probablemente depende de su caso de uso, pero generalmente se considera buena.
Finalmente, tenga en cuenta que, como dijo @whuber en los comentarios, la media armónica es de hecho una media aritmética ponderada.