Simulaciones posteriores de las variaciones con la función mcmcsamp

Me gustaría obtener las simulaciones posteriores de los componentes de varianza de un modelo lmer () con la función mcmcsamp (). Cómo hacer ?

Por ejemplo, a continuación se muestra el resultado de un ajuste lmer ():

> fit
Linear mixed model fit by REML
Formula: y ~ 1 + (1 | Part) + (1 | Operator) + (1 | Part:Operator)
   Data: dat
   AIC   BIC logLik deviance REMLdev
 97.55 103.6 -43.78    89.18   87.55
Random effects:
 Groups        Name        Variance Std.Dev.
 Part:Operator (Intercept) 2.25724  1.50241
 Part          (Intercept) 3.30398  1.81769
 Operator      (Intercept) 0.00000  0.00000
 Residual                  0.42305  0.65043
Number of obs: 25, groups: Part:Operator, 15; Part, 5; Operator, 3

Ahora ejecuto mcmcsamp ():

> mm <- mcmcsamp(fit, n=15000) 

Esperaba que las simulaciones de la varianza residual se almacenaran en el nodo "sigma", pero esto no parece ajustarse a los resultados de lmer ():

> sigmasims <- mm@sigma[1,-(1:5000)]  # discard first 5000 simulations (burn-in)
> summary(sigmasims)
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.
 0.8647  1.4960  1.7040  1.7460  1.9480  3.7920 

Del mismo modo, esperaba que las simulaciones de los otros componentes de la varianza se almacenan en el nodo "ST", pero obtengo una observación similar.

La respuesta corta (ish) es que

as.data.frame(mm,type="varcov")

debe extraer las cadenas para los efectos fijos y para el efecto aleatorio y las variaciones residuales en forma de un marco de datos.

Por ejemplo:

library(lme4.0) ## I am using the r-forge version
fm2 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject) + 
    (0+Days|Subject), sleepstudy)
mm <- mcmcsamp(fm2,1000)
dd <- as.data.frame(mm,type="varcov")
burnin <- 100  ## probably unnecessary
summary(dd[-(1:burnin),])

Lamentablemente, este vector no obtiene nombres útiles para los componentes de varianza. Puedes usar

vnames <- c(names(getME(fm2,"theta")),"sigma^2")
names(dd)[3:5] <- vnames

para remediar esto (en lugar de codificar las posiciones en el último paso con el que podría hacer algo -1:(length(fixef(fm2))))

La otra parte de esta respuesta es que tengo algunas dudas / preguntas serias sobre el comportamiento de las mcmcsampcadenas, pero corresponderé fuera de la lista: una discusión parcial / preliminar (¡y posiblemente incorrecta!) De mi confusión se publica en http: //www.math.mcmaster.ca/~bolker/R/misc/mcmcsampex.pdf .