Encontré un método que hace exactamente esto (un árbol de decisión, donde las hojas contienen una regresión lineal en lugar de un valor promedio). Se llaman árboles modelo [1] y un ejemplo es el algoritmo M5P [2] de weka. En M5P hay una regresión lineal en cada hoja.
Editar: Encontré otro paquete / modelo que hace algo similar y parece dar muy buenos resultados para mis conjuntos de datos: cubista. Una implementación en R viene dada por el paquete cubista [3]. Cubist agrega un conjunto de refuerzo a M5P y lo que llama 'correcciones basadas en instancias'.
[1]: Torgo, L. Modelos funcionales para hojas de árbol de regresión. En Actas de la XIV Conferencia Internacional sobre Aprendizaje Automático, págs. 385-393. Morgan Kaufmann, 1997.
[2]: M5P http://weka.sourceforge.net/doc.dev/weka/classifiers/trees/M5P.html
[3]: modelo cubista Cubista: modelado de regresión basado en reglas e instancias https://cran.r-project.org/web/packages/Cubist/index.html