Respuestas:
En mi opinión, Protovis es el mejor y está muy bien documentado y respaldado. Es la base de mi paquete webvis R.
Estos también son muy buenos, aunque tienen más de una curva de aprendizaje:
RaphaelJS puede hacer cosas bastante sorprendentes y recibió un gran respaldo de Sencha (anteriormente ExtJS). Raphael es bastante inteligente sobre los navegadores al usar un backend VML para Internet Explorer y SVG para todo lo demás. Sin embargo, la biblioteca es bastante de bajo nivel. Afortunadamente, el autor ha comenzado otro proyecto, gRaphael , que se centra en dibujar cuadros y gráficos.
El proyecto MIT SIMILE también tiene algunas bibliotecas JavaScript interesantes:
También hay un proyecto para portar Processing a JavaScript: ProcessingJS
Jmol es un applet de Java para ver estructuras químicas, pero se utiliza como motor de visualización para gráficos 3D en el sistema SAGE , que tiene una GUI completamente basada en navegador.
Y para una alternativa de código abierto a Google Maps, existe la excelente biblioteca JavaScript de OpenLayers que potencia la interfaz del igualmente excelente OpenStreetMap .
Hay cientos de ellos. Aquí hay una revisión útil de unos veinte: http://bigdata-madesimple.com/review-of-20-best-big-data-visualization-tools/
Recomendaría ChartJS , es simple, bonito y bien soportado.