Estoy buscando agrupar / fusionar nodos en un gráfico usando la agrupación de gráficos en 'r'.
Aquí hay una variación asombrosamente juguetona de mi problema.
- Hay dos "grupos"
- Hay un "puente" que conecta los grupos
Aquí hay una red de candidatos:
Cuando miro la distancia de conexión, el "conteo", si lo desea, entonces puedo obtener la siguiente matriz:
mymatrix <- rbind(
c(1,1,2,3,3,3,2,1,1,1),
c(1,1,1,2,2,2,1,1,1,1),
c(2,1,1,1,1,1,1,1,2,2),
c(3,2,1,1,1,1,1,2,3,3),
c(3,2,1,1,1,1,1,2,3,3),
c(3,2,1,1,1,1,1,2,2,2),
c(2,1,1,1,1,1,1,1,2,2),
c(1,1,1,2,2,2,1,1,1,1),
c(1,1,2,3,3,2,2,1,1,1),
c(1,1,2,3,3,2,2,1,1,1))
Pensamientos aquí:
- Por suerte o debido a la simplicidad del juguete, la matriz tiene parches obvios, este no será el caso en la matriz (muy grande). Si aleatorizara la relación entre punto y fila, entonces no sería tan limpio.
- Puede que me haya equivocado, así que si tengo un error tipográfico, avíseme.
- El conteo de saltos aquí es el número más corto de saltos para conectar el punto en la fila i con el punto en la columna j. Un salto automático sigue siendo un salto, por lo que la diagonal es todo.
Entonces, en esta matriz, la mayor distancia (lúpulo) tiene un número mayor. Si quisiera una matriz que mostrara "conectividad" en lugar de distancia, podría hacer un punto inverso, donde cada celda de la matriz se reemplaza con su inverso multiplicativo.
Preguntas:
Para ayudarme a encontrar mi propio camino:
- ¿Cuáles son los términos para reducir el número de nodos en un gráfico combinándolos? ¿Es agrupación, fusión, munging, cuáles son las palabras que debo usar?
- ¿Cuáles son las técnicas probadas? ¿Hay un libro de texto sobre el tema? ¿Puedes señalar documentos o sitios web?
- Ahora traté de mirar aquí primero, es un gran lugar de "primer chequeo". No encontré lo que estaba buscando. Si me lo perdí (no es poco probable), ¿puede señalarme una o dos preguntas respondidas sobre el tema aquí en CV?
Para llevarme a donde voy:
- ¿Existe un paquete 'R' que agrupe adecuadamente los nodos en la red?
- ¿Podría indicarme un código de ejemplo para hacer esto?
- ¿Existe un paquete 'R' que presente gráficamente la red reducida resultante?
- ¿Podría indicarme un código de ejemplo para hacer esto?
Gracias por adelantado.
igraph
paquete R.