¿Cómo comparar dos conjuntos de datos con el gráfico QQ usando ggplot2?


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Como principiante en estadísticas y R, he tenido un momento realmente difícil tratando de generar qqplots con una relación de aspecto de 1: 1. ggplot2 parece ofrecer mucho más control sobre el trazado que los paquetes de trazado R predeterminados, pero no puedo ver cómo hacer un qqplot en ggplot2 para comparar dos conjuntos de datos.

Entonces mi pregunta, ¿cuál es el equivalente ggplot2 de algo como:

qqplot(datset1,dataset2)

Los documentos de ggplot2 pueden ser útiles: docs.ggplot2.org/current/stat_qq.html
— Charlie

Respuestas:


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Lo más fácil es ver cómo qqplotfunciona. Entonces en tipo R:

R> qqplot
function (x, y, plot.it = TRUE, xlab = deparse(substitute(x)), 
    ylab = deparse(substitute(y)), ...) 
{
    sx <- sort(x)
    sy <- sort(y)
    lenx <- length(sx)
    leny <- length(sy)
    if (leny < lenx) 
        sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
    if (leny > lenx) 
        sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y
    if (plot.it) 
        plot(sx, sy, xlab = xlab, ylab = ylab, ...)
    invisible(list(x = sx, y = sy))
}
<environment: namespace:stats>

Entonces, para generar la trama solo tenemos que obtener sxy sy, es decir:

x <- rnorm(10);y <- rnorm(20)

sx <- sort(x); sy <- sort(y)
lenx <- length(sx)
leny <- length(sy)
if (leny < lenx)sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
if (leny > lenx)sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y

require(ggplot2)
g = ggplot() + geom_point(aes(x=sx, y=sy))
g

qqplot usando ggplot2


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ggplot2tiene un stat_qq(), ¿hay alguna forma de usar eso? Parece estar diseñado para comparar un vector con una distribución teórica, no pude ver cómo usarlo para comparar dos vectores diferentes.
— Ken Williams

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Usted puede conseguir realmente qqplot()que hacer todos los sort/ length/ approxcálculos para usted: d <- as.data.frame(qqplot(x, y, plot.it=FALSE)); ggplot(d) + geom_point(aes(x=x, y=y))
— Ken Williams

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Lo uso cuando también quiero una línea normal.

ggplot(data, aes(sample = data$column1)) + stat_qq(color="firebrick2", alpha=1) + geom_abline(intercept = mean(data$column1), slope = sd(data$column1))


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Si su necesidad original es solo controlar la relación de aspecto, aquí hay una forma de hacerlo:

x <- rnorm(1000)
y <- rnorm(1500, 2)

myqq <- function(x, y, ...) {
  rg <- range(x, y, na.rm=T)
  qqplot(x, y, xlim=rg, ylim=rg, ...)
}

myqq(x, y)

parcela myqq

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