Estoy buscando información sobre cómo otros organizan su código R y su salida.
Mi práctica actual es escribir código en bloques en un archivo de texto como tal:
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# 19 May 2011
date()
# Correlation analysis of variables in sed summary
load("/media/working/working_files/R_working/sed_OM_survey.RData")
# correlation between estimated surface and mean perc.OM in epi samples
cor.test(survey$mean.perc.OM[survey$Depth == "epi"],
survey$est.surf.OM[survey$Depth == "epi"]))
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Luego pego el resultado en otro archivo de texto, generalmente con alguna anotación.
Los problemas con este método son:
- El código y la salida no están vinculados explícitamente excepto por fecha.
- El código y la salida están organizados cronológicamente y, por lo tanto, pueden ser difíciles de buscar.
He considerado hacer un documento de Sweave con todo, ya que podría hacer una tabla de contenido, pero parece que puede ser más complicado que los beneficios que proporcionaría.
Avíseme de cualquier rutina efectiva que tenga para organizar su código R y su salida que permita una búsqueda y edición eficientes del análisis.
sink()
y capture.output()
. Eso es genial.
sink()
ocapture.output()
podrían ser tus amigos. Vale la pena considerar las utilidades de informes, como Hmisc , Sweave o brew (su punto 1). Los sistemas de versiones ( rcs , svn o git ) podrían ayudar con el punto 2.