Si existe un archivo de licencia, es bastante natural suponer que se aplica a la carpeta (y sus subcarpetas), por lo que puede tener una licencia en cada carpeta de subproyecto y todo está bien.
Aparte de eso, podría tener la licencia en cada archivo y, por lo tanto, incluso cambiar entre licencias por archivo.
Más allá de eso, señalaría que también podría tener un repositorio para cada proyecto y luego simplemente agregarlos como submódulos al proyecto de "conveniencia" (personalmente me parece más conveniente, porque también tengo la posibilidad de clonar solo la parte que me interesa).
Por último, si se trata de conveniencia, no exagere. Especialmente trate de evitar variantes. Cuando veo un proyecto, donde veo claramente "esta parte es GPL, esa parte es MIT", entonces eso es aceptable. Pero si tengo que lidiar con una jungla de licencias y variantes personalizadas de ellas, probablemente iré a buscar otro lugar o simplemente escribiré la parte que necesito. Los programadores adoran reinventar la rueda. No les des excusas para hacer eso;)