Creo que fui yo quien acuñó este término en 2002 cuando estaba en Intel y estábamos evaluando los Servicios de Equipo de Sharepoint. Basado en la desafortunada tendencia de Sharepoint a escapar espacios en nombres con caracteres [subrayados] (entre otras cosas), recomendé una política de usar guiones bajos para reemplazar todos los espacios para que las URL sean un poco más cortas y mucho más legibles.
Dado el nombre existente "camelCase" con jorobas en el medio, lo llamé "snake_case" o si había dos puntos planos, en broma lo llamé "road_kill_case". Teniendo en cuenta el tamaño de Intel y mis interacciones con el equipo de productos de Microsoft, es posible que este sea el origen, pero es una fase tan simple que creo que también podría haberse inventado de forma independiente en otro lugar.